吳建峰從事白酒釀造技術研究近30年，先后承擔數項省、部級課題及國家高技術發展（863計劃）子項目。采用DGGE技術，研究了制曲、釀酒過程中，微生物的生長和變化的規律，尤其是他對《中國白酒中健康功能性成份四甲基吡嗪的研究》，在行業內率先發現并論證了白酒功能性成分與人體健康的關系，闡述了適量飲酒有益健康的理念。在白酒釀造領域積累了豐富的理論知識和實際經驗，率領團隊開發的國緣、今世緣等系列產品成為中國馳名商標。

　　他先后牽頭組建了江蘇省固態發酵工程技術研究中心、江蘇省（今世緣）生物釀酒技術研究院，在國內率先推進實施了濃香型釀酒機械化自動化、芝麻香型釀酒機械化自動化及麩曲機械化自動化生產，獲得國家專利41項，其中發明專利12項，發表論文數十篇，他的一系列創新成果，不僅增強了企業的競爭力，也推動了行業的技術進步。